Родился 21 марта 1940 г. в п.Красногорский Звениговского района Марийской республики.
В 1965 году окончил Краснокутское летное училище и по распределению был направлен в г.Тюмень, где работал много лет, в том числе и на международных маршрутах.
В 1971 году поступил в Университет гражданской авиации. В 1976 году закончил его по специальности инженер-пилот.
3 августа 1995 г. самолет Ил-76, принадлежащий компании «Аэростан» (Казань), был принудительно посажен на аэродром вблизи г.Кандагар в Афганистане. Командиром воздушного судна был Владимир Шарпатов. Экипаж самолета попал в плен. Спустя год, в августе 1996 г., экипаж самолета смог совершить побег из плена.
Звание Героя России присвоено Указом Президента Российской Федерации от 22 августа 1996 г. № 1225. Звезду Героя России Шарпатову В.И. вручил в Кремле премьер-министр Черномырдин В.С.
После возвращения из плена Шарпатов В.И. продолжал работать в компании «Аэростан». 1 декабря 1998 г. в возрасте 58 лет был уволен по сокращению штатов.
Уехал в г.Тюмень, где Шарпатову В.И. выделили большую квартиру в центре города. Летчик вновь сел за штурвал Ил-76 авиакомпании «Тюменьавиа». Летал в Турцию, Эмираты. В возрасте 62 лет ушел с летной работы.
Ведет активную общественную деятельность. проживает в г.Тюмени.